iTextのBurstプラグインを使えばPDFファイルをページ毎に分割できる

import com.lowagie.tools.plugins.Burst;

public class Client {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        Burst bst = new Burst();
        bst.setArguments(new String[]{ "page.pdf" });
        bst.execute();
    }
}