例えばなんかの処理をするにあたってmavenとかから取ってきた依存性のjarの実体が必要な場合とか

apply plugin: "java"

repositories {
    mavenCentral()
}

dependencies {
    testCompile "junit:junit:4.11"
}

task deps {
    doFirst {
        def junit = configurations.testCompile.find {
            it.name.startsWith("junit")
        }

        println junit
    }
}

な感じでdependenciesからfindしてパスを取得する事自体は可能っぽい

JavaAgentとかでごにょごにょする必要がある場合にJARの絶対パスとかが必要になったらこういう方法使ってパス取って、JavaExecとかのjvmArgsとかで指定すれば良いんかなと。実際やってないからそういうケースで可能かどうかは不明