BaseAdapterを用いる際にはgetFilterなんてメソッドが存在しないのでどうすんの的な感じなんだけど、Android FrameworkソースのArrayAdapterは

public class ArrayAdapter<T> extends BaseAdapter implements Filterable {
}

っていうようにandroid.widget.Filterableなインターフェースを実装している。これをやれば良いだけな模様

っていうのがあった。削除されているからといって見た目上はチェックが解除されているかと思いきや、内部的な所までは伝達されない模様なのかなと