つまりIMモードな状態でスペースを入力すると通常は全角スペースになるが、これを半角スペースにする場合には

/usr/lib/mozc/mozc_tool -mode=config_dialog

で設定画面を出す。んで以下の画像にあるように「スペースの入力」の部分を半角にする

OKしたらどっかでIMモードにした状態でスペースを入力すると今まで全角スペースだったのが、半角スペースになる模様。全角スペースを入力する機会が無い場合には設定しとけばいいっぽい