java.util.prefs.Preferencesを使えばJavaでレジストリ操作ができるらしい。但しが格納される場所は決まっており、以下のようになる

# Preferences.systemNodeForPackageの場合
\\HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\JavaSoft\Prefs

# Preferences.userNodeForPackageの場合
\\HKEY_USERS\<Account>\Software\JavaSoft\Prefs

又は

\\HKEY_CURRENT_USER\Software\JavaSoft\Prefs
import java.util.prefs.Preferences;

public class Client {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        Preferences pref1 = Preferences.systemNodeForPackage(Client.class);
        //↑ユーザー別の場合はuserNodeForPackageメソッドに変える

        //レジストリに値を設定
        pref1.put("message", "Hello World");
        pref1.flush();

        Preferences pref2 = Preferences.systemNodeForPackage(Client.class);
        System.out.println(pref2.get("message", "undefined"));
    }
}