何やらs2jdbc-genでgen-ddlをした際のSQLでLob型のやつがデータベース上ではtinyblob(MySQL)になってるのを確認。これmediumblobとかにする場合には

package sample.entity;

import javax.persistence.Basic;
import javax.persistence.Column;
import javax.persistence.Entity;
import javax.persistence.FetchType;
import javax.persistence.GeneratedValue;
import javax.persistence.GenerationType;
import javax.persistence.Id;
import javax.persistence.Lob;
import javax.persistence.Table;

@Entity
@Table(name = "upload")
public class Upload {

    @Id
    @GeneratedValue(strategy = GenerationType.AUTO)
    public int id;

    @Column(name = "filename", nullable = false)
    public String fileName;

    @Column(name = "data", length = 10485760, nullable = false)
    @Lob
    @Basic(fetch = FetchType.LAZY)
    public byte[] data;
}

というように@Columnアノテーションにlengthを指定する事でそのサイズに応じた型で出力されるようになるらしい